Karijeru je poceo u Pamploni igrajuci za za B sastav Osasune. S obzirom na njegovu teznju da bude bolji mijenjao je puno klubova u Spaniji (Cartagonova, Sabadell, Celta Vigo, Eibar (posudjen), Albacete (posudjen)). Ali se nije bas snasao uprkos kvaliteti koju je demonstrirao.

U Arsenal prelazi nakon dojave skauta Arsena Wengera koji borave u Spaniji kako 'on' posjeduje veliki kvalitet i potencijal. To je bilo dovoljno da ga Wenger dovede na probu 14-ot jula 2004, gdje je zadovoljio sve kriterije i ostao se boriti sa tada, nezamjenjivim prvim golmanom Topnika Jensom Lehmanom. Debitirao je u trecem kolu Carling Cup-a, 27 oktobra u pobjedi Topnika od 1:2. Karijeru nastavlja u Arsenalu gdje i produzuje ugovor do 2010 godine.

Ove sezone, Almunia je postao prvi golman Arsenala nakon nekoliko gresaka koje je na golu napravio Jens Lehmann. Nakon odlaska temperamentnog Njemca, Almunia je zaduzio dres sa brojem 1.